Die Klosterkirche
wurde bereits 1552 an die evangelisch-lutherische Gemeinde Heidenheim übergeben. Heidenheim war evangelisch geworden. Schon seit 1534 wurde hier durch den vom Markgrafen und der Gemeinde berufenen Magister Johannes Pierbreu lutherisch gepredigt.
Bis zum Jahre 1806 war Heidenheim Klosteramt. in den Jahren 1721-1725 fand ein Umbau des Klosters zum markgräflichen Verwaltungszentrum statt. Die letzten großen Renovierungsarbeiten geschahen 1952, anlässlich der l200-Jahrfeier der Gründung.
Kreuzgang und Münster heute
Seit einer Reihe von Jahren konnten neue historische Daten und Kenntnisse über die Abtei Heidenheim gesammelt werden. Die vielseitigen Renovierungsarbeiten, die im Herbst 1965 mit der Tieferlegung des Kreuzganges begannen, erstreckten sich über mehrere Jahre.
Im Inneren des Münsters befindet sich eine Reihe von kunstgeschichtlich wertvollen Denkmälern: